Arkkitehti Alvar Aalto suunnitteli Villa Väinölän veljensä Väinö Aallon kodiksi ja toimistoksi. 1926 valmistuneen rakennuksen piirustukset pohjautuvat Alvar Aallon 1925 tekemiin atrium-talon piirustuksiin. Rakennuksen pohjoispäätyyn Alvar Aalto suunnitteli ulkorakennuksen ja se valmistui 1938.
Alajärven kaupunki osti rakennuksen 1952 jonka jälkeen rakennukseen lisättiin lisäsiipi talon eteläpäätyyn. Villa Väinölä on ollut kaupungin virastojen käytössä ja entisöity 1997. Villa Väinölän siirtyi Nelimarkka-museon hallintaan 2015 jonka jälkeen rakennus on remontoitu ja otettu uudelleen käyttöön 2018. Villa Väinölässä järjestetään yleisötilaisuuksia ja taidenäyttelyitä.
