Kortesjärvi tillhörde ända till 1700-talet moderförsamlingen i Jakobstad som en del av Lappajärvi kapellförsamling. Umgänget med moderförsamlingen i Jakobstad var svårt på grund av de långa avstånden och för att moderförsamlingen språk var svenska.
Kyrkliga förrättningar som exempelvis begravningar var besvärliga att genomföra med den tidens kommunikationer. Av den anledningen kände sig kortesjärviborna mer hemma i den finskspråkiga kapellförsamlingen i Lappajärvi.
Innan Lappajärvi församling bildades hade Kortesjärvi och några andra församlingar i sjöområdet bildat en egen underkapellförsamling, och 1789 fick Kortesjärvi kapellrättigheter. Det räknas som startåret för Kortesjärvi församling.
Till kyrkbyggare valdes kyrkbyggaren Jaakko (Jacob) Rijf från Jakobstad. Han var en självlärd timmerman som hade deltagit i övningar i civilarkitektur vid Kungliga konstakademin i Stockholm, och han var därmed den första folkliga mästaren i Finland som hade fått teoretisk skolning. Byggandet av kyrkor ökade kraftigt under andra halvan av 1700-talet och den offentliga makten, särskilt under Gustaf III:s tid, började uppmärksamma denna stora byggnadsverksamhet och övervaka den noggrannare. Bland annat rekommenderades att man skulle sluta bygga separata klockstaplar. Bygget av Kortesjärvi kyrka skedde under denna period, och kyrkan som färdigställdes 1792 representerar den typ av arkitektur för stenkyrkor som Rijf hade som förebild och utvecklade. Stilen på kyrkan är gustaviansk nyklassicism. Kortesjärvi kyrka är en åttahörning korskyrka vars mittak höjer sig som en kupol och från en liten sockel reser sig tornet som avslutas med en månghörnig spira. I början fanns det bara en klocka i tornet. Ett trettiotal år senare skaffade man ytterligare en klocka, som var mindre.
Kyrkan invigdes först den 9 mars 1794, två år efter färdigställandet. Anledningen till att invigningen försenades var troligen att Kortesjärvi inte hade någon egen kyrkoherde.
Traditionsenligt skulle kyrkan namnges efter ett helgon, och man bestämde sig för att döpa kyrkan efter boskapens beskyddare och lyckobringare, Katarina.
Kortesjärvi kyrka är byggd på traditionellt sätt i öst-västlig riktning med altaret placerat i den östra armen, varifrån även kyrkans sakristia är avskild. Predikstolen är placerad i hörnavfasningen på nordostsidan. Kyrkans yta är 423 m2. Det finns 500 sittplatser, varav 30 på läktaren. Orgelläktaren byggdes 1909.
Predikstolen är sannolikt byggd av kyrkans byggherre Jaakko Rijf själv. Predikstolen pryds av att stort antal ängelhuvuden, av vilka några nu finns på museum. Det finns många förslag på vem som har snidat ängelhuvudena, men mest troligt var det konstnären Eric Cainberg, eftersom han var släkt med Jaakko Rijf.
