Peräseinäjoesta tuli Ilmajoen kappeliseurakunta 1798, ja vuodesta 1882 se oli itsenäinen seurakunta aina vuoden 2005 liitokseen Seinäjoen kanssa. Nyt Peräseinäjoki on yksi Seinäjoen seurakunnan toiminnallisesti itsenäisistä kappeliseurakunnista.
Peräseinäjoen kirkko sijaitsee keskellä kylää, ja se tunnetaan myös nimellä Pyhän Paavalin kirkko. Lääninarkkitehti Ivar Aminoffin suunnittelema kolmella lehterillä varustettu puinen ristikirkko valmistui vuonna 1892. Seurakunnan aikaisempi kirkkorakennus purettiin uuden valmistuessa. Uudessa kirkossa on istumapaikkoja noin 1 000 hengelle. Alttaritauluna on vaasalaisen taiteilijan Aleksandra Frosterus-Såltinin maalaama Kristuksen ylösnousemusta esittävä teos vuodelta 1905. Pääoven vierustaa taas koristaa Heikki Mikkilän tekemä vaivaisukko. Peräseinäjoen kirkosta löytyy myös sisämaan kirkoissa harvinainen votiivilaiva eli kirkkoon lahjoitettu purjelaivan pienoismalli. Votiivilaivoja lahjoittivat aikoinaan esimerkiksi haaksirikosta pelastuneet. Sakaristossa sijaitsevan Teekla-nimisen laivan on korjannut Matti Laine ja sen tekijänä pidetään Johan Jaakonpoika Valkavaa.
