Peräseinäjoki blev kapellförsamling under Ilmajoki 1798, och från och med 1882 var det en självständig församling fram till sammanslagningen med Seinäjoki 2005. Idag är Peräseinäjoki en verksamhetsmässigt självständig kapellförsamling inom Seinäjoki församling.
Peräseinäjoki kyrka ligger mitt i byn och är även känd som Sankt Pauli kyrka. Korskyrkan av trä med tre läktare, ritad av länsarkitekten Ivar Aminoff, stod färdig år 1892. Församlingens tidigare kyrkobyggnad revs när den nya stod färdig. I den nya kyrkan finns sittplatser för cirka 1 000 personer. Altartavlan från 1905 är målad av Vasakonstnären Alexandra Frosterus-Såltin och föreställer Jesu uppståndelse. Huvuddörren pryds av en fattigbössa tillverkad av Heikki Mikkilä. I Peräseinäjoki kyrka finns även ett votivskepp, en till kyrkan donerad miniatyr av ett segelskepp, något som är sällsynt i inlandskyrkor. Votivskeppen donerades till exempel av personer som hade överlevt ett skeppsbrott. Skeppet Teekla i sakristian har restaurerats av Matti Laine och tros vara tillverkat av Johan Jaakonpoika Valkava.
